目前,研发机构多采用合作的形式来缩短新型疫苗的开发上市时间。
一些资金实力较弱的小企业如若有好的品种,可以寻求大企业的支持。仿制药行业临洗牌根据国家食药监总局的规定,此次评价对象主要是化学药品新注册分类实施前批准上市的仿制药,包括国产仿制药、进口仿制药和原研药品地产化品种。
不过,大部分仿制药企业难免此劫,仿制药行业大洗牌即将来临。今年3月份,国务院办公厅印发《关于开展仿制药质量和疗效一致性评价的意见》。行业集中度低且鱼龙混杂,‘安全无效药到处存在。此前一款药品做临床数据的叫价可能只有50万元-60万元,但现在由于临床基地数量受限且时间较紧,临床试验出现塞车现象,目前一款药做一致性评价的价格涨至500万元,有的甚至高达800万元。不过,目前有一些药企开始行动,包括筛选品种、排队做临床数据等
平安银行行长邵平表示,平安银行将与绿叶集团、药明康德等战略合作伙伴共同发起成立平安健康荟 战略联盟,在药物研发升级、分级诊疗体系建设、境内外医药及医疗资源整合等领域开展全面合作。数据分析是产业链最难突破的壁垒,其难点在于数据量有限、分析能力有限以及分析成本高企。该计划的完成使得人们强烈的意识到人们需要更多更好的技术与数据分析能力来回答随之而来的一系列生物学问题。
ONT MinION是一个小的(~3 cm× 10 cm)USB设备,并且可以在个人电脑上运行,使得其成为最小的测序平台。Qiagen的GeneReader是专为临床诊断设计的,其主要关注点在肿瘤基因panels46上,也因此其局限性较大。举例来说,2012年,Ellis等报道了基因与乳腺癌患者芳香酶抑制剂(aromatase inhibitor)治疗法之间的关联。2015年,Griffith等认为可以使用一个完美的跨平台的方法(包含靶向测序)来鉴定肿瘤中高可信度的SNPs。
聚合酶在结合dNTPs的过程中,切割dNTP结合的荧光基团,使得荧光基团在第二个标记的碱基进入ZMW前将前一个荧光基团去除。幸运的是,最近的一系列的对试剂以及算法的改进使得其准确率提高不少71。
Illumina短读长测序的设备可以从台式的低通量单位到大型的超高通量,如应用于全基因组关联分析(whole-genome sequencing,WGS)。NGS现在已经不仅仅只是一个新奇的事物,而已经成为了一个在生物学研究中广泛应用的技术。与PacBio的环状模板类似的是,ONT MinION使用一个leader-harpin library结构。对于急性感染而言,这些事件已经下降到几天。
荧光基团以及屏蔽基团随后被移除并且开始一轮新的反应。尽管有多家NGS技术供应商,NGS研究最常用的还是Illumina平台21。随着人们对临床诊断测序兴趣的增加,已有的NGS供应商正在提供各种快速的解决方案,如Ion Torrent S5以及Illumina的MiniSeq,还有新加入者Qiagen的GeneReader也来参与竞争。人们通过荧光基团的发射波长来判断碱基或者其互补碱基的序列。
其它生产商也在快速革新自身的产品113。SOLiD与Complete Genomics系统使用的SBL技术准确率非常高(~99.999%)7,14,因为每个碱基都会被标记多次。
通量的限制以及高企的成本(1000美元/G),加上较高的覆盖度使得PacBio RS II成为那些较小的实验室难以应用的技术。在绝大多数Illumina平台上,每种dNTP结合一种荧光基团,因此需要四种不同的激光通道。
相比于1-4种可能的信号,nanopore拥有1000多种可能的k-mer,尤其是当天然DNA序列中存在修饰的碱基的时候。对于那些严重的神经性疾病或者极为危险的癌症患者而言,数周的WGS分析的等待时间足以使的患者错过最佳的治疗时间。不仅如此,SNA不需要将dNTP屏蔽,因为测序反应过程中下一个碱基的缺失会阻止链的延伸。其高准确率与Sanger测序相似,使得该方法与Sanger测序一道成为SNPs的研究方法65。四种核糖核酸都必须反复添加到测序反应过程中。但是,SBS中依然包括了各种不同的测序原理。
这些技术上的进展使得人们甚至可以在一条read上读出整条基因组序列。由于多次读取同一序列,因此系统会产生多次测序后的保守序列(consensus sequence, CCS)。
Illumina系统(Moleculo)分割DNA到小板上而不需要特殊仪器。每个循环过程中,四种单独标记的复合物和3屏蔽的脱氧核糖核酸被添加进反应中。
但是,作为一个依赖于CRT技术的Illumina平台,相对于SNA平台的优势在于其在读取核糖核酸多聚体(同一种核糖核酸多次出现)时较低的错误率。随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。
最新的超高通量测序仪已经将曾经认为不可能的事情成为可能。一个特定区域内成千上万个拷贝的DNA分子可以增加信号和背景信号的区分度。为此,GeneReader系统整合了QIAcube样本制备系统和Qiagen Clinical Insight平台用于不同的数据分析。cPAS的BGISEQ-500系统则受制于中国大陆政府。
理论上来讲,任意大小的DNA分子都可以在该设备上测序,但是实际情况是在对长片段进行测序过程中,是有所制约的70。对这些电荷瞬时的追踪称为squiggle space,特定DNA序列通过孔会产生特定的电压改变,这被称为k-mer。
传感器对pH的变化对于连续碱基的检测还不够完善,因此在测量同一碱基连续出现时的数量可能会有所误差。该设备使用了一个特制的流动单元,其中包含了成千上万的单独的底部透明的皮升孔(picolitre wells)——zero-mode waveguides(ZMW)58。
受制于基因组材料大小的局限,很更多的个人样本可以在一个测序中实现,增加了基因组研究的宽度以及深度。Illumina的市场仍然在增长,以至于优势巨大。
此类的长读长测序产生的单一长序列可以跨越复合物或者重复序列。这一点使得其几乎是所有目前的二代测序平台中最快的一个。除了简单的增加基因组数据可靠性之外,长读长还能够提供更有效的临床诊断98-100。最近,英国Stanley Royd Hospital的研究人员使用MinION用于监测沙门氏菌(Salmonella enterica)的爆发103。
该方法中,正向和反向引物结合在芯片的表面,这些引物给单链DNA(single-stranded DNA,ssDNA)提供了末端的互补序列供其结合。SOLiD平台使用的是双碱基编码的探针,每个荧光基团信号代表了一个二核糖核酸17。
但是,这种高度的敏感性也随之带来了2.5%左右的错误率。最后,NGS同时还和其他的技术之间存在着竞争的关系。
这使得MinION具有极高的便携性,并且在临床诊断中以及那些不容易到达的地方有着广泛的应用前景。单分子长读长测序(PacBio和ONT)最近这段时间,最常用的长读长测序法平台就是使用PacBio Biosciences(PacBio)57的单分子实时测序法(single-molecule real-time sequencing, SMRT)(图5a)。